ההנהלה היא הגוף המנהל והמבצע של האיגוד, כל סמכות וכוח שלא יוחדו במפורש לגוף אחר באיגוד, מסורים להנהלה. יו"ר ההנהלה וחבריה נבחרים ע"י האסיפה הכללית, כשממלאי התפקידים בהנהלה ייבחרו ע"י ההנהלה וכל עוד לא נבחרה הנהלה חדשה, תמשיך ההנהלה המכהנת בכהונתה. ההנהלה נעזרת בועדות משנה לנושאים מוגדרים או תפקידים מיוחדים, שיוקמו לצרכים אלו.
חברי הנהלת איגוד הכדוריד
יו"ר - דורון גלפנד. מ"מ יו"ר - אבי כחלון. סגן יו"ר - דודי פלח. עופר קושמרו, פיני לייבוביץ, טוביה יוגב, צחי וייס, אורית קופר, מגל וולף, איז'ו ויינר, אריק אלקלעי, נאור ברכל, ליעד הר לב, עמית כהן, תמר ירושלמי, אמיר דרוקר, מיכל עציון, יותם אלעזרא וגבריאלה וייסמן-קוגן.
ועדה מקצועית: פיני ליבוביץ, טוביה יוגב, יותם אלעזרא, אריק אלקלעי, אבי כחלון,עופר קושמרו, צחי וייס, אלון נגל.
ועדת נשים: יו"ר עמית כהן, טוביה יוגב, תמר ירושלמי, מיכל עציון,ליעד הר לב,מגל וולף, ריקי רוזוב.
ועדת כספים: יו"ר איתי רגבי,מ"מ אבי כחלון, עמית כהן, איז'ו ויינר, דודי פלח, נאור ברכל ואורית קופר.
ועדת ליגה וגביע: יו"ר פיני ליבוביץ, נאור ברכל, שי סימון - מנכ"ל.
ועדת ביקורת
יו"ר - רו"ח גיא מצוינים, רו"ח חמי קודמן,משה מיכאלי .
בעלי תפקידים
מנכ"ל: שי סימון. יועץ משפטי: עו"ד רועי רוזן. דובר: אלון סגל. רכז נבחרות ותשתיות צעירות: גלעד נתן. רכז נשים ואתנה: רביב ורניק. רכז הדרכה והשתלמויות: ראובן יוספולסקי. מדיה וצילום: הדר ואן קולא. רו"ח: משה מועלם. מנהלת חשבונות: עדינה שלום. מזכירות: אורית נחמו.
אחראית הטרדות מיניות: תמי סנדיק.